分子构型工作台Molecule Geometry Workbench
正在读取草稿…已完成 0 / 5 步下一步：准备分子结构
STEP 01
绘制二维结构
多个物种画在同一画板中，互不连线正在载入二维编辑器…
• 自由基已设置
画板工具
去 H 功能适用于复杂结构：先点按钮，再点任何实际带 H 的原子；画板会直接显示自由基点。
可选：反应目的与高级编辑
点按钮后再点原子。四个单键的中性 B 会自动标为 B−。
STEP 02
检查三维构型
三维预览区生成后可拖动旋转，滚轮缩放
拖动旋转 · 滚轮缩放
在左侧绘制结构，或直接输入 SMILES
导入已有三维坐标
可以粘贴 GaussView、XYZ 或 Gaussian 坐标。
坐标文件生成构型后可导出
两个物种的初始接触结构
在画板中画两个互不相连的物种，生成三维时会自动选择接触位点和朝向。
高级：手动微调位置
初始摆放只是起点；检查接触距离和方向后，使用结构优化计算。多个自由基的总自旋请自行选择。
STEP 03
生成 Gaussian 输入文件
完成三维构型后即可设置计算参数
这次要做什么计算？先选择目标；过渡态会展开专门的初始结构准备流程。
先准备过渡态猜测结构
选择关键的两个原子。默认把 A–B 距离拉长到 1.33 倍，并整体移动 B 所在一侧的片段。
当前 / 下一次目标选择两个原子后显示
对断键过程常用 1.33；成键过程可输入更小的比例。调整后请在三维窗口检查整体方向。
等待结构分析生成三维结构后，将根据 reaction1–12 的 611 个输入文件推荐两级计算组合。
过渡态设置按你的 reaction1–12 工作流生成
标准路线来自 LTY7-TS；若收敛困难，可改用你文件中常见的 MaxStep=5 或 RecalcFC=10 方案。
键长约束与扫描使用上面选中的原子 A、B
当前距离 先选择两个原子
高级：查看或自定义指令
QST3：自动准备单根断键猜测固定顺序：反应物 → 产物 → 过渡态
使用调整前的结构作反应物，按 1.33 倍准备过渡态猜测，再把断键两侧拉开作产物猜测。三个结构保留相同原子数和顺序。
高级：自定义反应物和产物坐标
IRC 设置CalcFC + LQA
用于已经确认只有 1 个虚频的过渡态结构；默认值与你现有 IRC 文件一致。
输入文件预览等待三维坐标
普通分子的电荷会根据 SMILES 自动填写；导入金属配合物坐标后请手动核对电荷和多重度。
STEP 04
上传并提交 Gaussian 计算
生成 Gaussian 输入文件后即可自动提交
计算平台华东一区【昆山】
远程目录/public/home/aczhangli/LTY
输入文件等待生成
输出日志等待生成
资源配置1 节点 · 30 核 · kshcnormal
正在连接共享计算服务…
01
上传输入文件平台接收输入文件与脚本，任务启动后写入独立目录
02
生成提交脚本使用 Gaussian 环境与 30 核 kshcnormal 队列
03
提交并读取队列平台直接返回作业编号，随后自动读取状态
作业编号—
当前状态—
计算目录—
所有访问者暂时共用计算账号；点击后会直接上传并提交，成功后显示作业编号。
STEP 05
高级别单点能与最终 Gibbs 自由能
提交前可选择高级别单点参数
高级别单点设置
高级别路由
# b3pw91 def2tzvp scrf=(iefpcm,solvent=methanol)第一次计算正常结束后，系统会读取优化坐标并自动生成 xx-high.gjf。
等待提交第一次计算
过渡态判断等待频率计算
虚频—
IRC 作业—
找到相同结构的历史结果已先显示供你参考。
第一次计算 HF—
Gibbs 热校正—
高级别作业编号—
高级别 HF—
最终 Gibbs 自由能—G = HFhigh + Thermal correctionlow · Hartree
下载计算文件
正在检查完成提醒连接
计算结果历史
结构相同就会先展示参考结果；参数相同直接复用，参数不同需明确选择重新计算。
| 物质 / 完成时间 | 低级别计算 | 低级别 HF | Gibbs 热校正 | 高级别计算 | 高级别 HF | 最终 Gibbs |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 目前还没有完成的两阶段计算 | ||||||